Το 1977, ο ΟΗΕ του έδωσε τον τίτλο «πολίτης του κόσμου», όπως αναφέρεται στο δίπλωμα που του επέδωσε ο τότε γενικός γραμματέας Χαβιέρ Πέρες ντε Κουέγιαρ.

Τον Απρίλιο του 1994, ο Πελέ ορίστηκε Πρεσβευτής Καλής Θέλησης της ΟΥΝΕΣΚΟ ενώ την περίοδο 1994–2000 ήταν διευθυντής εξωτερικών υποθέσεων και συντονιστής των τμημάτων βάσης της Σάντος.

Το 1995, ο πρόεδρος της Βραζιλίας Φερνάντο Καρντόσο τον όρισε στη θέση του υπουργού αθλητισμού, ο πρώτος μαύρος υπουργός στην ιστορία της χώρας. Κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, πρότεινε νομοθεσία για τη μείωση της διαφθοράς στο ποδόσφαιρο της Βραζιλίας που είχε διογκωθεί κατά τη διάρκεια της δεκαετίας του 1990, εξασφάλιζε την ανεξαρτησία της αθλητικής δικαιοσύνης, έδινε δικαιώματα στους ποδοσφαιριστές στις σχέσεις τους με τα σωματεία και δημιουργούσε δυνατότητες συλλογής κεφαλαίων για τα ολυμπιακά αθλήματα, η οποία έγινε γνωστή ως «νόμος Πελέ».

Τρια χρόνια μετά, απομακρύνθηκε από τη θέση του, έχοντας αντιδράσεις από αρκετούς προέδρους μεγάλων συλλόγων της χώρας για τη νομοθετική του πρωτοβουλία.

Κατηγορήθηκε ότι συμμετείχε σε σκάνδαλο διαφθοράς που καταχράστηκε 700.000 δολάρια από τη UNICEF, αν και δεν αποδείχθηκε τίποτα και η UNICEF το αρνήθηκε. Συμμετείχε σε διαφημίσεις για αρκετές πολυεθνικές εταιρείες, αλλά αρνήθηκε να διαφημίσει προϊόντα καπνού ή αλκοόλ.

Το Δεκέμβριο του 1999 ήρθε ίσως η σημαντικότερη τιμητική διάκριση, αυτή του «Αθλητή του αιώνα» από τη Διεθνή Ολυμπιακή Επιτροπή, παρά το γεγονός ότι δεν συμμετείχε σε Ολυμπιακούς Αγώνες κατά τη διάρκεια της αθλητικής σταδιοδρομίας του.

Το 1992 διορίστηκε πρεσβευτής του ΟΗΕ για την οικολογία και το περιβάλλον. Του απονεμήθηκε επίσης το χρυσό μετάλλιο της Βραζιλίας για εξαιρετικές υπηρεσίες στο άθλημα το 1995. Το 2012, τιμήθηκε με τιμητικό πτυχίο από το Πανεπιστήμιο του Εδιμβούργου για «σημαντική συμβολή στα ανθρωπιστικά και περιβαλλοντικά προβλήματα, καθώς και τα αθλητικά του επιτεύγματα».

Από το 2014 λειτουργεί μουσείο του στη πόλη που δοξάστηκε, στο Σάντος, το οποίο περιέχει 2.400 αντικείμενα από όλη τη ζωή του. Από το 2010 άγαλμά του υπάρχει σε κεντρική πλατεία της γενέτειρας πόλης του.

Την ίδια χρονιά κατά τη διάρκεια της νοσηλείας του στη Βραζιλία αποκαλύφθηκε ότι ο Πελέ είχε υποβληθεί σε αφαίρεση του ενός νεφρού του μετά από τραυματισμό του σε αγώνα της αμερικανικής περιόδου της σταδιοδρομίας του. Το γεγονός δεν είχε γίνει τότε γνωστό στον τύπο. Εκτοτε αντιμετώπισε σειρά προβλημάτων υγείας που περιόρισαν την κινητικότητά του με τις δημόσιες εμφανίσεις του να γίνονται όλο και πιο σπάνιες…